Nel 1552 Arrigo II, re dei Francesi, muove all’assalto della penisola italiana e, data la situazione geografica della Corsica, questa si trova coinvolta nella bufera.

Nel 1553, le truppe del re comandate dal colonnello corso Sampieru Corsu si impadroniscono di Bastia, Corti, Ajacciu e Calvi. Sono sufficienti pochi giorni per fare della Corsica una terra francese. Con il trattato di Cateau-Cambrésis, nell’aprile 1559, la Francia restituisce la Corsica ai Genovesi. I Corsi ritrovano dunque il loro nemico di sempre.

Il tentativo di riconquista dell’isola da parte di Sampiero Corso nel 1564, seppur ben cominciato, sarà solo una speranza di breve durata. Nel 1567, durante un combattimento, cadrà in un’imboscata e serà ucciso. La sua testa sarà esposta dai Genovesi ad Ajaccio. Dal 1569 al 1729, Genova eserciterà sulla Corsica un potere assoluto.